В роли Рейдена - кибернетического ниндзя, дебютировавшего в Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty и вновь вернувшегося на экраны в Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots, вам предстоит выдержать немало испытаний и, наконец, узнать, что же произошло после событий MGS4. В недалеком будущем кибернетические технологии стали неотъемлемой частью мира. Через три года после развала режима Патриотов, долгое время контролировавших весь мир, ситуация на планете накалилась до предела. Власть сосредоточена в руках тех, кому принадлежат технологии, большинство частных военных компаний PMC, ранее контролируемых Патриотами, превратились в криминальные синдикаты. Рейден - сотрудник одной из организаций, сохранивших верность делу мира. Великолепно подготовленный, экипированный по последнему слову техники футуристический ниндзя жаждет мести и не остановится ни перед чем, чтобы уничтожить Desperado Enterprises, одну из частных военных компаний.