Винда его не удаляет. При первой установке внимательно следите за галочками, на автодобавление в исключения антивирусника. Если этого пункта не будет, ничего страшного не произойдёт. Я просто не помню уже сам процесс установки. В общем даже авторежиме он установится и сразу готов к работе.
Официальный сайт бесплатного торрент-клиента. Пользуюсь, перешёл на него с uTorrent (кое-что там в нем мне не понравилось) 

Вы по каким признакам определяете что файлы не меняются? Вы сравниваете их побайтово? Нет блокирующего фактора для переноса файлов из одного места в другое? Вы копируете то что указано в описании или по наитию всё сразу? При копировании, торрентклиент закрыт и раздача остановлена? На данное время дня вы всё ещё не можете выполнить копирование файлов из одной папки в другую? ( проверьте на возможность копирования другие файлы, например перенесите картинку из одной папки в другую, если и это не происходит, вызывайте специалистов)